ماده ۵۱. هیئت مدیره مکلف است تا اول دیماه هر سال بودجه کل سازمان را برای سال بعد تنظیم و به شورای عالی سازمان پیشنهاد نماید. شورای عالی سازمان مکلف است حداکثر تا پانزدهم اسفندماه بودجه سال بعد را تصویب و به هیئت مدیره ابلاغ نماید.
اساسنامه سازمان مصوب ۵۸/۶/۱۰ ، نیز در خصوص مقررات مالی سازمان، مقرراتی وضع کرده است.
تبصره- حذف شد.
به موجب لایحه قانونی تشکیل شورای فنی موضوع ماده ۴ قانون تأمین خدمات درمانی مستخدمین دولت و انحلال سازمان تأمین خدمات درمانی مصوب ۵۸/۹/۱۲ و متعاقبا قانون الزام سازمان تأمین اجتماعی مصوب ۱۳۶۸/۸/۲۱ تبصره ماده ۵۱ و تبصره ۲ ماده ۵۲ منتفی است. همچنین قانون الزام سازمان تأمین اجتماعی به اجرای بندهای الف و ب ماده 3 قانون تأمین اجتماعی مصوب ۱۳۶۸/۸/۲۱ ، نحوه استفاده از واحدهای درمانی و بیمارستانی مالکیت سازمان و واحدهایی را که بدین منظور ایجاد خواهد شد، تعیین کرده است .متن تبصره ماده ۵۱ عبارت بود از «سهم سازمان تأمین خدمات درمانی از بابت هزینه های ناشی از بندهای الف و ب ماده ۳ این قانون به ترتیب مقرر در ماده ۲۹ باید در بودجه سازمان مشخص گردد».
ماده ۵۲. مانده در آمد پس از وضع مخارج و کلیه درآمدهای حاصل از خسارات و زیان دیر کرد و بهره سپرده ها و سود اوراق بهادار و سود سرمایه گذاری ها و درآمد حاصل از فروش و یا واگذاری و یا بهره برداری از اموال سازمان کلا به حساب ذخایر منظور خواهد شد.
تبصره ۱- شورای عالی سازمان هر سال به پیشنهاد هیئت مدیره از محل ذخایر مبلغی جهت خرید اموال غیرمنقول و ایجاد ساختمانها یا تأسیسات و تجهیزات جدید که اعتبار آن در بودجه سازمان تأمین نشده باشد تخصیص خواهد داد.
تبصره ۲- حذف شد.
همان، متن تبصره ۲ عبارت بود از ایجاد تأسیسات درمانی به پیشنهاد سازمان تأمین خدمات درمانی و تایید هیئت مدیره سازمان و تصویب شورای عالی از محل ذخایر صورت خواهد گرفت و با حفظ مالکیت سازمان در اختیار سازمان تأمین خدمات درمانی گذارده خواهد شد.»
ماده ۵۳. ذخایر سازمان نزد بانک رفاه کارگران متمرکز خواهد شد. بانک مذکور ذخایر مزبور را تحت نظر هیئتى با تصویب شوراى عالى سازمان، به کار خواهد انداخت.
بانک رفاه کارگران در تاریخ ۱۳۳۹/۵/۲۷ در اجرای تبصره ۳۹ قانون بودجه سال ۱۳۳۸ و اساسنامه مصوب هیئت وزیران با سرمایه چهارصدمیلیون ریالی تمام متعلق به سازمان بیمه های اجتماعی کارگران تشکیل گردید، در سال ۱۳۵۸ با مصوبه قانون ملی شدن بانکها کلیه بانک های فعلی ملی اعلام گردیدند ولی با توجه به اینکه بانک رفاه کلا به سازمان تأمین اجتماعی تعلق داشت و سازمان نیز دولتی بود مصوبه مذکور منصرف از بانک رفاه بود، در ماده ۷ لایحه قانونی اصلاح قانون تشکیلات سازمان تأمین اجتماعی مصوب ۱۳۵۸/۵/۲۸ که بعد از ملی شدن بانک ها تصویب گردیده است نیز تعلق تمام سهام بانک رفاه به سازمان مورد تأکید قرار گرفته است؛ در سال ۱۳۷۳ با تصویب قانون فهرست نهادها و مؤسسات عمومی غیردولتی، سازمان به عنوان نهاد عمومی غیردولتی اعلام گردید، در سال ۱۳۷۶ که اساسنامه بانک با تصویب مجمع عمومی تغییر یافت به موجب ماده ۶ اساسنامه سرمایه بانک معادل ۹۵ میلیارد ریال تعیین گردید که مبلغ چهل میلیارد و شصت میلیون ریال آن توسط سازمان تأمین گردید که بیش از ۵۰% سهام بانک متعلق به دولت بود؛ متعاقب تشکیل مجمع عمومی فوق العاده در تاریخ ۱۳۷۹/۱۲/۱۰ سرمایه بانک با پیشنهاد هیئت مدیره از مبلغ ۹۵ میلیارد ریال به ۱۶۹۱ میلیارد ریال افزایش یافت که سهم سازمان از این افزایش سرمایه معادل ۹۳ تعیین گردید. با توجه به تقلیل سهم دولت به کمتر از ۵۰ درصد تغییر ماهیت حقوق بانک و به تبع آن تغییراتی را در اساسنامه ایجاب نمود. در همین راستا مجمع عمومی فوق العاده در تاریخ ۱۳۸۰/۶/۳۱ اقدام به تغییر اساسنامه نمود، که این مصوبه با شکایت سازمان بازرسی کل کشور و رأی هیئت عمومی دیوان (دادنامه شماره ۲۰۶ مورخ ۱۳۸۳/۵/۲۵ ) ابطال گردید. این رای به موجب دادنامه شماره ۶۸۴ مورخ ۱۳۸۶/۸/۱۳ هیئت عمومی دیوان عدالت اداری و در اجرای ماده ۵۳ قانون دیوان عدالت اداری اصلاح گردیده است در بخشی از دادنامه مذکور چنین آمده است: «منظور از دادنامه ۲۰۶ مورخ ۱۳۸۳/۵/۲۵ تعیین وضعیت بانک از نظر ضرورت اعمال حاکمیت نظارتی دولت بر آن است و دادنامه نافی اختیارات سازمان تأمین اجتماعی براساس قانون تجارت نسبت به سهم الشرکه آن سازمان در بانک مزبور با توجه به افزایش سرمایه اخیر نمی باشد»؛ به موجب ماده ۵ قانون اصلاح ۴۴ مصوب ۱۳۸۶/۱۱/۸ مجلس شوراي اسلامی و ۱۳۸۷/۳/۲۵ مجمع تشخیص مصلحت نظام سقف مجاز تملک سهام به طور مستقیم و غیر مستقیم برای هر نهاد عمومی غیر دولتی ده درصد تعیین میشود. نیز نک: اساسنامه شرکت سرمایه گذاری تأمین اجتماعی مصوب ۶۳/۴/۱۷ شورای اقتصاد.