مطابق تبصره (۲) ماده ۲ قانون مالیاتهای مستقیم، درآمدهای حاصل از فعالیتهای اقتصادی از قبیل فعالیت های صنعتی ، معدنی تجاری ، خدماتی و سایر فعالیتهای تولیدی برای اشخاص موضوع ماده ۲ قانون مالیاتهای مستقیم ، که به نحوی غیر از طریق شرکت نیز تحصیل می شود ، در هر مورد به طور جداگانه به نرخ مذکور در ماده ۱۰۵ قانون مالیاتهای مستقیم مشمول مالیات خواهد بود. مسئولان اداره امور در این گونه موارد نسبت به سهم فعالیت مذکور مکلف به انجام دادن تکالیف مربوط طبق مقررات خواهند بود. در غیر این صورت نسبت به پرداخت مالیات متعلق با مودی مسئولیت تضامنی خواهند داشت.
نکته ۱- مطابق بخشنامه شماره ۶۲۴۷/۱۱۳۰۴ -۲۰۱ مورخ ۱۳۸۲/۱۱/۱۵ به منظور اجرای صحیح حکم تبصره (۲) ماده ۲ قانون مالیاتهای مستقیم و اتخاذ رویه واحد در این خصوص نکات زیر را متذکر می گردد :
نکته ۲- مطابق بخشنامه ۲۳۰/۹۶/۱۴۵ مورخ ۱۳۹۶/۱۰/۲۱ ، نظر به اینکه بر اساس بند (۴) الحاقی به ماده ۲ قانون مالیات های مستقیم به موجب بند (۱) قانون اصلاح قانون مالیات های مستقیم مصوب ۱۳۹۴/۰۴/۳۱ ، بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی دارای مجوز معافیت از طرف حضرت امام خمینی (ره) و مقام معظم رهبری از شمول پرداخت مالیات های موضوع قانون مالیات های مستقیم خارج گردیده اند ، به پیوست تصویر نامه شماره ۱/۳۳۳۰۶ مورخ ۱۳۹۶/۰۹/۲۱ دفتر مقام معظم رهبری به شرح زیر جهت اطلاع و اقدام ارسال می گردد:
" اسامی بنیاد ها و نهادهایی که بر اساس نظر مقام معظم رهبری مشمول بند مذکور بوده و تحت نظارت این دفتر فعالیت می نمایند به شرح زیر جهت ابلاغ به سازمان امور مالیاتی و مراجع ذیربط برای رعایت مفاد قانون درباره آنها ایفاد می گردد.بدیهی است مفاد تبصره های ماده ۲ قانون در خصوص این بنیاد ها و نهادها و تکالیف آنها در مورد پرداخت مالیات های تکلیفی و مالیات بر ارزش افزوده همچنان مجری خواهد بود.