عملیات حسابرسی و نحوه اجرای آن در قالب بخشنامه های ۱۱ و ۱۱/۱ و ۱۱/۲ و ۱۱/۳ جدید درآمد صورت میگیرد(متن کامل بخشنامه های مذکور در سایت تامین اجتماعی جهت بهره برداری علاقه مندان موجود میباشد).درخواست انجام حسابرسی از طریق شعبه ای که شخص حقیقی/ حقوقی نزد آن دارای پرونده مطالباتی بوده و یا شعبه محل کارخانه کارگاه های صنعتی و خدمات تولیدی و یا فنی مهندسی ثابت، صورت می گیرد.
درخواست شعبه به موسسات حسابرسی سازمان تأمین اجتماعی در تهران یا شهرستان ذیربط ارسال و گروهی برای رسیدگی و بازرسی از دفاتر قانونی و اسناد مالی شرکت به آنجا مراجعه می نمایند.در برخی موارد با اخذ اسناد و مدارک اشخاص حقوقی، انجام بازرسی از دفاتر قانونی شرکتها در محل مؤسسه حسابرسی صورت میگیرد.
معمولا قبل از انجام حسابرسی،فرم هایی مخصوص برای شرکت مربوطه ارسال میگردد که در آن یک سری اطلاعات در رابطه با دفاتر قانونی و اظهارنامه های مالیاتی مورد سوال قرار میگیرد که پس از تکمیل فرم های مربوطه و ارسال آن به موسسه حسابرسی یا شعبه ذیربط، مراحل بعدی انجام کار صورت می پذیرد.
مؤسسات حسابرسی سازمان تأمین اجتماعی پس از رسیدگی دفاتر، مدارک مربوطه را در فرم های مخصوص وارد و به شعبه ای که پرونده مطالباتی شرکت در آن رسیدگی میشود ارسال مینماید و در این حالت مؤسسات حقوقی به استناد مواد ۴۲ و ۴۳ قانون تأمین اجتماعی حق اعتراض و ارائه مستندات دال بر رد بخشی از بدهی اعلام شده را دارند.
نکته قابل توجه: بدهی حق بیمه ناشی از حسابرسی از تاریخ ابلاغ به کارفرما تا ۳۰ روز مشمول جریمه تأخیر نبوده و پس از آن در صورت عدم اعتراض کارفرما ماهیانه ۲% جریمه تاخیر پرداخت به آن تعلق میگیرد.«حقوق و مزایای مشمول و غیر مشمول طبق بخشنامه ۱/ ۱۱ جدید درآمد بوده که بازرسان دفاتر قانونی در زمان انجام حسابرسی می بایستی مورد توجه قرار دهند .»